正式成為初中生的黑衣麻陶在學校的入學式上，一眼就看中了她的同班同學小鳥游優美。天真爛漫的麻陶與帶有成熟味道的優美。這樣對應一般完全相反的兩個人，隨著一起度過的時間逐漸增多，兩人間的友情也變得更加堅固。可是升上初中二年級后兩人卻被分在了不同的班級，于是少女們的心終于開始了分歧。與此同時。在另一個世界里，眼中潛藏著藍色火焰的少女BLACK★ROCK SHOOTER與她的宿敵手持漆黑大鐮的少女DEAD MASTER展開了激烈的死斗，這兩個少女與麻陶和優美又有什么樣的聯系呢……