6件大范圍的連續殺人事件發生在東京周邊的數個地區。警方除了目暮警部之外，還派了各縣的警員增援，小五郎也參加了搜查會議。此時柯南卻因為一個偶然的契機，發現一個警察從會議中離席，并乘上了一輛跑車離去。 “那輛車……居然，是琴酒！！” “黑衣人組織”中的一員居然潛入了搜查會議，琴酒肯定是想乘坐跑車逃走。連續殺人事件莫非是“黑衣人組織”做下的罪惡勾當？事態一觸即發！！如果讓琴酒知道工藤新一仍然活在這個世上，那么不止新一本人，只要和他扯上關系的朋友們都會被從這個世上抹殺掉。所以在明知危機四伏的情況下，柯南仍然開始單獨進行調查。