本作講述御坂美琴為學妹白井黒子學校內的風紀委員會工作時遇到的種種麻煩。當然，本篇的主人公上條當麻仍會登場，不過其一改愛說教的習慣，是一個看著不至于在本篇中那樣令人心煩的角色。 此外，通過《魔法禁書目錄》最終回的流行服飾ED得知，本作中白井黒子對姐姐的愛也有所描述，以及在動畫《魔術的禁書目錄》的開場中能夠看到身影的初春飾利，也將作為主要角色之一在本作中有活躍表現。 《科學超電磁炮》完全是原創的故事，故事的焦點，主要集中在正傳的那些配角身上，從另外一個側面，展示著學園都市的一切。