在都市內出現了連續女性被殺事件。經警察調察，犯案者是異形怪物，而主角·風祭真因為一直發著相關事件的夢而備受困擾……　　風祭真的父親是遺傳學研究所里的科學家。而真則自愿成為了研制不治之病的實驗品，但卻被瘋狂的科學家·鬼塚實行的現階段最危險的生化實驗·Lv3的遺傳因子操作實驗而變成了生化戰士：真·假面騎士。但鬼塚最大的目的就是要將真供幕后BOSS·“財團”作為軍事武器。真最后逃出了財團的魔掌，并且與“財團”的超級改造戰士·豪島展開生死戰！