本作承接了第一季《黑礁》的故事內容，講述了日本的上班族岡島綠郎在一次去東南亞的出差中，被和海盜差不多的運輸商“BLACK LAGOON”的成員綁架。公司為了保守機密派遣雇傭兵要抹煞掉成為了人質的岡島，但是岡島憑借其智慧從這絕境中脫險了。被公司拋棄的岡島舍棄了了姓名和立場，改名Rock成為了“BLACK LAGOON”的成員。原軍人的老板Dutch，機械工Benny，有“雙槍”別名的槍手Revy，和Rock一起，乘坐改造魚雷艇“BLACK LAGOON號”在南方的大海上馳騁著……而女主角則是美女雙槍俠·蕾葳，任何危險的工作她都可以勝任..