故事講述了神秘的御行又市一幫人，和以當戲劇作者為目標的青年百介解開了隱藏在怪異事件幕后的陰影原來是人類所為的故事。　　山罔百介，一個為撰寫《百物語》而游歷諸國的隱居者，在一個雨夜因為自己的遲鈍邂逅了一個神秘的“三人組”：擅長騙術的御行師——又市先生；擅長操縱玩偶的傀儡師——阿銀小姐；擅長鳥寄的模仿師——長耳先生。至此，卷入了一系列詭異的事件之中，這些事件成就了他的《百物語》的素材。